1948年5月，上级决定将李作鹏调任至第六纵队，担任副司令及第十六师的师长，旨在为这支年岁最为悠久的部队注入新的活力与变化。

提到第十六师，其前身为红一军团，抗战时期经过重新编制，成为了115师的343旅685团，随后又更名为新四军的第三师第七旅。作为一支历史悠久的部队，这支师自成立以来就以严格的纪律与坚韧的作风著称，特别擅长应对艰难而激烈的战斗。在很长一段时间内，该师的师长职位一直由副师长代理，导致了指挥层面的不太稳定。

在1947年夏季攻势结束后，原本在第一纵队的梁兴初被调任至第六纵队担任第十六师的师长，可惜在职务上仅仅几个月后他又被调走，副师长依旧代理师长之职。直到1948年5月，上级才终于决定将李作鹏调任至此。

对于李作鹏而言，上级领导对第十六师寄予厚望，使他感受到巨大的压力。总部首长对这支部队有着深厚的情感，他自身也是从这个团队中成长起来的，一直以来因其卓越的战斗表现而傲然自豪。然而，在解放战争期间的东北战场，许多其他师的表现已渐渐超过了第十六师，这引发了上级希望能找到一位优秀的指挥官来重振这支老牌部队的期望。

在李作鹏上任之后，立即接到总部的命令，要求第十六师、十八师和独立第十师联合出击，旨在消灭在大房身机场附近活动的敌人第56师。以三个师与一个敌师对抗，这是当时作战部署中的一种优势兵力集中策略。在这次战斗中，第十六师被指定为主攻部队，纵队的政委还专门坐镇师指挥部进行指挥。由于敌军在机场周边布局了一个团的守卫力量，李作鹏决定调动一个团作为主攻部队，借助独立第十师的配合，在不到一个小时的激烈交战中成功控制了机场，最终获得总部的表彰。

对于李作鹏而言，刚上任就取得胜利，这或许并不足挂齿。然而，若回顾1947年前的情形，这还算得上是一个不小的成功。在解放战争初期，倘若部队能够集结一个营的兵力作战，已经是相当了不起的表现。1946年时，第四纵队成功歼灭敌方的第一个正师，中央电信部门以及各大战区纷纷对此表示祝贺，第四纵队也因此获得了总部的表彰。

随着1947年接连进行的夏季、秋季和冬季攻势，敌方的有生力量迅速减弱。在消灭一个营或一个团的战斗中，逐渐被认为只是小规模的胜利。李作鹏明白，战斗经验愈加丰富，战斗力也愈加增强，指挥官的胃口也随之大了许多，只有一口气歼灭一个师或一个军，胜利的愉悦才会足够让人满意。然而，他认为，即使是小胜，也能够增强师首长与各级指战员间的合作，总比一开始就遭遇重大失利要好得多。部队的指战员对上级的信任，往往通过能够赢得胜利并且伤亡较小的方式来体现，达成的共识也会让大家心服口服。反之，若战斗表现不佳，必然会引发上下的不满，最终的结果便是被调离岗位。

在此之后，部队经过短暂的休整后便参与了辽沈战役。在战役的第一阶段，即锦州的战斗中，第十六师未能发挥出应有的作用，反而被指派去围困长春。但在辽西会战阶段，他们接获命令，负责封堵敌人的退路，有效地歼灭了敌军，因而得到总部的表扬。在接下来的南下行动及解放海南岛的战役中，第十六师同样发挥了重要作用。