现缙云县建于武周万岁登丰元年（公元696年），以境内古缙云山而得名。缙云是中华民族人文始祖轩辕黄帝的号名。置县后，属括州。大历十四年（公元779年）改括州为处州，沿属处州，1949年5月，缙云解放，属丽水专区。1952年改属金华专区。1963年复属丽水专区。1968年丽水专区改为丽水地区，隶属不变，2000年丽水地区改为丽水市，隶属不变。县人民政府驻地是五云镇。
今缙云地，《禹贡》 “ 扬州之域 ” ，春秋战国时属吴越，秦代分属会稽郡、闽中郡。西汉时为会稽郡地，分属乌伤县，东汉初改回浦为章安。汉末建安四年（199），分章安县南乡置松阳县，缙云地分属乌伤和松阳两县。
三国吴赤乌八年（245），分乌伤县南境上浦乡置永康县，今缙云北部为永康县一部分。吴太平二年（257），分会稽郡东部置临海郡，松阳属之：吴宝鼎元年（266），又分会稽郡西部置东阳郡，永康县属之。缙云地分属临海郡之松阳县和东阳郡之永康县。
东晋太宁元年（323），分林海郡东部置永嘉郡，松阳县属之。隋开皇九年（589），分松阳县东部置括苍县，废永嘉郡置处州。开皇十二年，又改处州为括州。隋初废东阳郡置婺州，大业初复改婺州为东阳郡，括州为永嘉郡。今缙云地北部仍属东阳郡永康县，南部属永嘉郡括苍县。
唐武德四年（621），李子通改东阳郡为婺州，升永康为丽州，分置缙云县，属丽州。八年，废丽州及缙云县，仍属永康县。万岁登封元年（696），分括州括苍县东北界及婺州永康县南界再置缙云县，因境内缙云山而名，属括州。天宝元年（742）改括州为缙云郡。乾元元年（758）复为括州。大历十四年（779）因避德宗讳（名适，音 kuò），改括州为处州，缙云县属之。
五代时，缙云县为吴越国之地，仍为处州属县。宋时亦属处州。
元至元十三年（1276），蒙古军攻占处州，改处州为处州路。至正十九（1359），朱元璋占处州，改处州路为安南府，旋改处州府。缙云县属之。顺治三年七月，缙云入清。
明、清时，缙云县属处州府。清宣统三年（1911）十月光复处州，处州成立军政分府，缙云县属之。
民国三年（1914），设钱塘、会稽、金华、瓯海4 道，缙云县属瓯海道。十六年废道制，实行省县两级制，缙云县直属浙江省。1930年，浙江省实行县政督察专员制，全省分为12个区域，缙云县属第二特区。1935年，全省分为9个督察区，属第九行政督察区。1948年4月，全省裁并为 6 个行政督察区，7月又改为7个，缙云县先后属第六区和第七区。
1949年5月，缙云解放。9月，浙江省分为7个专区，缙云县属第七专区。10月，第七专区改为丽水专区。1952年1月撤消丽水专区，缙云县属金华专区。1963年5月恢复丽水专区。1968年11月丽水专区改称丽水地区，缙云县属之。2000年7月，撤消丽水地区，建地级丽水市，地域不变，缙云县属之。
得名《隋书·地理志》：“括苍有缙云山。”贞观元年，唐太宗按地理形势，把全国分为十道，浙江属江南道。缙云山是江南道名山之一。唐《元和郡县志》：“缙云山，一名仙都，一曰缙云，黄帝炼丹于此。《一统志》在缙云县东二十三里，高六百丈，周三百里，本名缙云山。缙云县因境内缙云山而得名。