雷音寺的根源与莫高窟一脉相承,可追本于西晋之 “仙岩寺”。隋、唐时名 “崇教寺”,五代及宋名 “大圣仙岩寺”,元、明则为 “皇庆寺”,清代始名 “雷音寺”。1944 年,国立敦煌艺术研究所成立,罢废莫高窟雷音寺。1989 年,因莫高窟已列入世界文化遗产名录,不可再建佛寺,故选址在敦煌城南鸣沙山下重建雷音寺,1991 年 6 月落成开光。
雷音寺属于汉传佛教,法脉属于法幢正宗,是敦煌市境内规模最大的佛教活动场所,也是一个集信仰、弘法、修行、教育、佛教交流为一体的多功能佛教文化场所,2013 年被评为国家 AAA 级旅游景区。