1947年初，吴富善担任了嫩江军区警一旅的旅长和政委。在成功清除辖区内的匪患后，他被调往西满军区，负责组建独立三师。随着西满和北满根据地的建立与巩固，战局发生了根本性变化。在大约一年之前，东北的战斗条件非常艰苦，缺乏稳定的群众支持，敌人重兵把守前线，后方也不断遭受土匪骚扰。因此，指挥部决定采取主动行动，联合占领关键交通要道，积极发展农村根据地。 1946年的主要任务是巩固和建立根据地，彻底清除匪患。经过一年的努力，后方的土匪基本被清除，部队逐渐站稳脚跟，开始有计划地扩充主力军并准备向敌人发起反攻。当时，西满军区除了东总指挥的部队外，只有保一旅和保二旅两支能快速机动的作战部队。因此，军区决定成立独立三师，以增强整体的作战能力。决定中提出，利用原新四军第三师特务一团、二团以及吴富善领导的林甸地区几支具备战斗力的部队，作为新部队的基础，发展新的机动力量。

吴富善刚到东北时，被任命为齐齐哈尔卫戍区的司令员，与嫩江军区司令员王明贵等人一起开展扩军和剿匪工作。他们采取了三种方式来建立和扩充军队。 第一种方式是整编和改造。他们对接收的日伪武装力量进行改造，把这些部队纳入我军体系。比如，他们接管了改造后的公安大队以及铁路护卫军等武装力量。虽然他们派人去改编这些部队，但由于时间紧迫，局势变化，这些部队中有些还是出现了成建制的倒戈现象。

第二种方式是招兵买马。刚到东北时，吴富善对当地的情况还不够熟悉。在建军过程中，由于过于追求兵员数量，忽视了质量，导致一些伪军混入新军。这些伪军在敌人进攻前纷纷投敌，给部队带来了不小的损失。 第三种方式是通过发动群众，逐个审查，稳步扩充并巩固部队。虽然这种方式进展缓慢，但组建的部队质量较高，且忠诚于革命事业。经过对比，前两种方式的问题显而易见，尤其是在组建主力部队时，若采取前两种方式，极有可能导致安全隐患。因此，吴富善最终选择了更加谨慎且积极的建军策略。

吴富善以曾经指挥的警一旅第二团为基础，结合一个军分区的一个团，按照主力部队编制将其改组为三个营，进而组建出一个新的独立团。通过整合特一团、特二团和独立团，独立师终于成立。然而，组建后的独立师依然面临骨干力量不足的问题。虽然特一团和特二团的情况较好，但独立团是全新组建的部队，急需有实战经验的骨干。 为了增强独立团的作战能力，吴富善决定把自己的警卫员和随行的马夫调到作战连队，并从特一团、特二团中抽调一些骨干人员。他深知，这样的补充力量依然不足，于是他转而关注正在医院治疗的伤员。得知一些因战斗受伤而住院的伤员正慢慢康复后，吴富善立即前往医院探望。由于当时医疗条件有限，伤员的恢复速度较慢，许多人无法立刻投入战斗。而有些伤员在病情好转后，找不到原部队的去向。于是，吴富善积极动员这些康复者，经过一个多月的努力，从医院吸纳了百余名伤员，其中不乏经验丰富、战斗力强的基层干部，为独立团注入了急需的骨干力量。

最终，保一旅、保二旅与独立三师合并，升格为野战纵队第七纵，邓华担任司令员，陶铸担任政委，而吴富善则担任副政委。在这一过程中，吴富善和他的部队不断成长，逐步迎接更艰巨的革命任务与挑战。