涎腺导管癌检出CDH1胚系致病性变异,确诊遗传性癌症易感综合征
创始人
2025-06-07 18:07:07
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最近,一种被称为伴横纹肌样特征的涎腺导管癌(SDC-RF)的实体瘤已被证实与CDH1体细胞突变相关。本文首次报告了 1 例携带胚系CDH1致病性变异且伴随CDH1基因座体细胞杂合性缺失的经典型涎腺导管癌(SDC)病例。一名 67 岁男性因胸痛和背痛就诊,影像学检查发现胸骨和腰椎存在溶骨性病变。椎骨活检结果提示为原发灶不明的转移性癌。对骨活检样本进行的分子检测(包括全外显子组二代测序[NGS]及针对临床相关蛋白的免疫组织化学[IHC]检测)显示,该肿瘤为三阴性(IHC检测ER/PR/ERBB2阴性)、雄激素受体(AR IHC)阳性。此外,该分析还发现CDH1基因存在编码区突变(c.1792C>T,p.R598*),且第二个CDH1等位基因发生基因组缺失。胚系检测结果显示患者携带杂合性CDH1致病性变异。PET-CT检查发现颈部存在一个肿瘤,提示为符合涎腺来源的原发性恶性肿瘤。患者初始接受卡铂联合紫杉醇治疗,随后使用帕博利珠单抗,最终采用AR靶向治疗(亮丙瑞林联合恩扎卢胺)。但上述治疗均未成功,患者最终因疾病进展死亡。分子检测显示,本例患者存在CDH1基因的双等位基因失活。研究人员认为,患者在已有的胚系CDH1突变基础上发生了体细胞突变,最终导致其易患SDC。此前研究已在SDC-RF中发现体细胞CDH1致病性变异,但本例患者为携带胚系CDH1致病性变异的经典型SDC(无横纹肌样特征)。该病例引发了对携带胚系CDH1致病性变异患者SDC肿瘤遗传学及分子谱分析的思考。此外,该病例支持以下观点:SDC可能是与胚系CDH1致病性变异相关的其他恶性肿瘤在涎腺的对应表现,并可能扩展该家族性癌症易感综合征相关肿瘤的谱型。

背 景

E-钙粘蛋白(CDH1基因的蛋白产物)是一种跨膜糖蛋白,参与钙依赖性细胞间黏附,并在上皮细胞行为中起关键作用。继发于CDH1基因缺失的E-钙粘蛋白失调会导致细胞黏附丧失和细胞运动能力获得,从而促进癌症的侵袭和转移。CDH1胚系致病性变异主要与弥漫性胃癌(DGC)和小叶乳腺癌(LBC)相关。在CDH1变异携带者中,男性弥漫性胃癌的终身总体风险为 42%,女性为 33%;女性小叶乳腺癌的累积发病率约为 42%。

近年来,涎腺导管癌(SDC)被证实与体细胞CDH1突变相关。SDC占所有涎腺腺癌的不到 2%,全球范围内其发病率为每 10 万人 0.1-2.7 例。由于SDC是一种极为罕见的恶性肿瘤,关于其与CDH1相关性的文献有限。Rooper等人发现,86% 的伴横纹肌样特征的涎腺导管癌(SDC-RF)存在体细胞CDH1改变,其中 78% 的肿瘤表现为E-钙粘蛋白蛋白异常表达或完全缺失。同样,Kusafuka等人发现 72% 的SDC-RF存在CDH1改变。本文报告了 1 例在胚系CDH1致病性变异背景下发生的无横纹肌样特征SDC患者的临床及基因组特征。

病 例

患者男,67 岁,白人,既往有高血压、高脂血症及冠状动脉疾病(CAD)病史,因胸痛和背痛就诊。患者无显著酒精或烟草使用障碍史。由于其CAD病史,最初考虑不稳定型心绞痛可能是胸痛的潜在原因。但进一步检查发现,胸骨、肋骨、腰椎及胸椎的溶骨性病变是其疼痛的病因。胸部、腹部及盆腔计算机断层扫描(CT)未发现内脏原发肿瘤证据。体格检查除左侧颈后无痛性淋巴结肿大外,其余无明显异常。患者无肝脾肿大。最初考虑多发性骨髓瘤(MM),但血清蛋白电泳及血清游离轻链检测均未提示MM。此外,前列腺特异性抗原无异常。T8和T10椎体CT引导下活检结果符合转移性低分化癌。组织病理学显示,肿瘤由成簇的大非典型细胞构成,细胞具有中等大小核仁、中等量嗜酸性胞质,并呈现顶浆分泌形态。免疫组织化学(IHC)显示,癌细胞广谱细胞角蛋白、细胞角蛋白AE1/AE3、CK7及GATA-3强阳性(图1),PD-L1(肿瘤阳性比例评分[TPS] <1%)、甲状腺转录因子-1(TTF-1)、p40、S-100蛋白、p53、前列腺特异性抗原(PSA)、NKX3.1、PAX-8、结蛋白(desmin)及CDX-2阴性。部分细胞共表达SATB-2和p63。IHC检测在载玻片上的福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织切片中通过自动染色技术完成。染色强度(0=无染色;≥1=弱;≥2=中等;≥2=强)及染色百分比(0%-100%)由一名认证病理学家评分。总体而言,免疫表型未能明确原发部位,但由于GATA-3阳性,考虑的原发部位包括乳腺、涎腺及皮肤附件。

▲图1 对来自第八和第十胸椎(T8和T10)的原发性不明转移性肿瘤活检的免疫组化结果

对骨活检样本进行了分子检测,包含全外显子组二代测序(NGS)及针对临床相关蛋白的补充免疫组织化学(IHC)检测。NGS采用全外显子测序技术对 700 个基因进行高深度测序。基于等位基因频率和扩增子覆盖度,所有基因序列变异的检测置信度 >99%,分析灵敏度为 5%,平均测序覆盖深度 >500。分子检测前通过手动显微切割技术采集靶向组织,实现肿瘤富集。基因变异由认证分子遗传学家解读,并根据美国医学遗传学学会标准分类为致病性、可能致病性、意义未明变异、可能良性或良性。针对雄激素受体(AR)蛋白染色,使用鼠抗AR单克隆抗体(AR441),若 ≥10% 细胞染色强度 ≥1+ 则判定为阳性。分析结果显示该肿瘤为三阴性(IHC检测ER/PR/ERBB2阴性)且AR阳性(IHC 2+)表型。结果显示存在CDH1突变(蛋白改变p.R598*,DNA改变c.1792C>T,变异丰度[VAF] 57%)、PTEN突变(p.Q298*,VAF 23%)、TP53突变(p.R209fs,VAF 20%)及KMT2C突变(p.Q1186*,VAF 15%)。肿瘤突变负荷较低(9 muts/Mb),微卫星状态稳定。

基因组流行评分(GPSai)提示乳腺癌置信度为 81%;然而,临床评估及高级影像学检查未发现乳腺肿瘤迹象。除骨转移外,全身FDG PET-CT显示高代谢淋巴结肿大及左颈上部巨大软组织肿块(提示为原发肿瘤)。影像学及组织病理学特征符合癌,并排除淋巴瘤等造血系统疾病。鉴于病理性骨折及侵袭性疾病生物学特性(如低分化癌及转移性疾病),启动卡铂联合紫杉醇全身治疗以处理原发灶不明的转移性癌。后续胚系检测显示患者携带杂合性CDH1致病性变异。值得注意的是,患者父亲 60 余岁时曾被诊断为胃癌。由于胚系CDH1致病性变异与弥漫性胃癌(DGC)相关,患者接受了上消化道内镜检查,但未发现胃部恶性肿瘤。初始卡铂联合紫杉醇治疗显示部分缓解,但 6 个月后患者出现疾病进展,颈淋巴结及腋窝淋巴结肿大加重。由于标准化疗后疾病进展且IHC提示可能原发于皮肤附件,患者接受了超说明书免疫治疗(帕博利珠单抗 200 mg静脉注射,每 3 周 1 次)。此前针对晚期黑色素瘤及皮肤鳞状细胞癌患者的帕博利珠单抗单药治疗研究分别显示总生存期改善及持久疗效。因此,治疗目标是通过超说明书免疫治疗实现长期疾病控制。然而,2 个月内患者癌症进展,表现为颈部肿块增大及新发肝病灶。为重新评估非骨来源的组织学及分子改变,对左颈部淋巴结进行活检,结果仍符合低分化癌。IHC显示CK7、GATA3及AR阳性(图2),与此前诊断的椎体转移灶一致。鉴于涎腺与乳腺肿瘤在形态学及基因型上具有相似性,结合患者临床背景,活检结果提示原发肿瘤来源为涎腺。

▲图2 E-钙粘蛋白(A)和AR(B)免疫组化结果

鉴于肿瘤AR阳性(IHC检测),患者随后接受亮丙瑞林联合恩扎卢胺治疗;然而,尽管接受AR靶向治疗,其疾病仍持续进展。由于疾病不可治愈且进展迅速,患者选择转为症状管理并加入临终关怀。治疗终止后,患者于数周后死亡。总生存期为 17 个月。从一线治疗开始至首次复发的时间(首次无进展生存期,PFS1)为 5 个月(图3)。

▲图3 患者治疗时间线

在尸检中,对淋巴结活检样本进行了分析,并生成拷贝数谱以探究是否存在CDH1等位基因缺失。通过CNVkit工具从NGS数据中检测拷贝数增益与缺失。CNVkit将特定样本的靶标及非靶标位点读取深度相对于构建的参考序列进行标准化。该方法在生成包含多个基因的离散区段绝对拷贝数调用前,会对GC含量、靶标大小及测序重复进行校正。区段分割步骤(循环二分法分割)通过算法确定一致性深度数据以实现准确预测。最终生成各区段的拷贝数状态(包括每个等位基因的拷贝数、总拷贝数及区段置信度指标)。在本分析中,特定基因的拷贝数值及置信度指标被认为与其所在区段的数值一致。若区段水平拷贝数 ≤0.1 且 95% 预测区间 ≥1,则判定该基因为“不确定”。将全基因组拷贝数结果以图形化方式绘制生成核型图(图4)。该拷贝数分析显示CDH1基因座存在杂合性缺失(LOH),表明本例患者存在CDH1基因双等位基因失活,并证实E-钙粘蛋白蛋白表达完全缺失(图4)。此外,颈部淋巴结活检的E-钙粘蛋白免疫组织化学结果显示,肿瘤细胞E-钙粘蛋白阴性(图2)。

▲图4 使用CNVkit检测二代测序数据中的拷贝数增加和丢失,并生成分子核型

讨 论

本文报告了 1 例携带CDH1胚系致病性变异的患者,其临床特征提示转移性涎腺导管癌(SDC),依据包括:组织病理学顶浆分泌特征、分子谱显示AR阳性,以及影像学发现左颈上部巨大软组织肿块(提示涎腺原发肿瘤)。研究人员认为本例患者具有独特性,因其是目前已知首例在CDH1胚系致病性变异背景下发生的经典型SDC病例。正如Kusafuka等人首次提出的观点,本病例支持以下结论:由于免疫表型研究及形态学评估的相似性,SDC可能是携带CDH1胚系致病性变异个体中,与小叶乳腺癌(LBC)和弥漫性胃癌(DGC)对应的涎腺肿瘤。

在探究伴横纹肌样特征的涎腺导管癌(SDC-RF)患者的临床病理特征时,Rooper等发现 9 例患者中8例为男性,中位年龄 67 岁(范围 63-83 岁)。同样,Kusafuka等人旨在分析 17 例SDC-RF患者CDH1基因的体细胞遗传学改变,发现 13 例为男性,平均年龄 62 岁。肿瘤原发部位包括腮腺、副腮腺、下颌下腺及咽部;其中 1 例为原发灶不明的转移性癌。由于显著颈淋巴结肿大,15 例患者接受颈部淋巴结清扫术,其中 13 例发现转移。14 例患者接受肿瘤切除术或腺叶切除术,其中 6 例术后接受放疗或放化疗。研究结束时,7 例患者因SDC-RF死亡,8 例患者存在骨、肺及肝转移。Kusafuka等人和Rooper等人描述的SDC患者临床特征与本例患者相似,包括:平均诊断年龄、显著颈淋巴结肿大、肺肝转移存在,以及尽管接受化疗、免疫治疗及AR靶向治疗仍快速进展的侵袭性疾病特征。

近期文献致力于细化SDC的诊断标准。目前认为,AR阳性及类似乳腺导管原位癌或小叶原位癌粉刺型的顶浆分泌形态是确立诊断的核心特征。Rooper等的组织病理学检查显示,所有SDC-RF患者的肿瘤细胞均呈明显横纹肌样、AR阳性,并具有显著核仁及丰富嗜酸性胞质的顶浆分泌形态。相比之下,本例患者肿瘤的组织病理学检查显示中等量嗜酸性胞质、中等大小核仁、AR阳性但无明显横纹肌样细胞形态,提示其应诊断为经典型SDC而非SDC-RF。

尽管CDH1改变并非SDC的必需诊断条件,但其在SDC-RF中的存在已被观察到。Rooper等人和Kusafuka等人的分子分析发现,超过 70% 的SDC-RF病例存在体细胞CDH1改变。Rooper等对 7 例病例进行靶向NGS检测,其中 6 例显示CDH1变异(4 例为单等位基因突变,2 例为双等位基因失活)。变异类型包括单拷贝缺失、移码突变、无义突变及剪接位点突变。

此外,Kusafuka等人对 12 例SDC-RF病例进行了CDH1基因的体细胞遗传学分析,其中6例在外显子2检测到错义/无义突变。其他检测到的变异包括外显子2插入突变,以及3、4、7、14和16号外显子的错义突变。超过半数SDC-RF病例存在CDH1基因体细胞突变,且 83% 的病例中E-钙粘蛋白蛋白表达缺失或异常。

与上述先前研究不同,本例患者的胚系检测显示CDH1基因12号外显子存在无义突变(p.R598*,DNA改变c.1792C>T),这在SDC患者中具有独特性。传统上认为,该变异会导致提前终止密码子,进而产生缺失或不完整的蛋白,且已有报道显示其存在于遗传性弥漫性胃癌(DGC)家系中。进一步肿瘤分子检测显示,CDH1变异的变异等位基因频率(VAF)为 57%。HE染色显示肿瘤含量为 65%。由于患者已知携带CDH1胚系致病性变异,VAF约 60% 提示其16q22.1基因座存在等位基因特异性杂合性缺失(LOH)。核型图(图4)显示CDH1基因座LOH,证实本例患者存在CDH1基因双等位基因失活。

除CDH1基因座LOH外,研究人员还观察到全基因组范围内多个区域的浅(半合子)染色体缺失,以及 3 个深(纯合子)缺失区域,涉及3p(近着丝粒区)、6p(近着丝粒区)和12p染色体。这些半合子及纯合子基因组缺失的临床意义尚不明确。全基因组杂合性缺失(gLOH)程度为 8%,符合中等水平拷贝数改变,且低于定义“高gLOH”的 16% 阈值。

颈部淋巴结活检的免疫组织化学(IHC)结果显示,肿瘤细胞E-钙粘蛋白蛋白阴性(图2)。研究人员认为,本例患者的NGS结果与IHC结果一致。针对CDH1,研究人员观察到截短突变及野生型等位基因的基因组缺失,这与免疫组化研究中E-钙粘蛋白蛋白缺失表现一致。此外,关于TP53,通常认为仅显性负性(功能获得性)TP53错义突变会导致核p53蛋白积累,而截短突变不会。本例患者检测到的TP53突变为移码突变,会导致转录本及蛋白截短,因此不会伴随核内积累或p53 IHC阳性结果。

研究人员认为,患者在已有的CDH1胚系突变基础上发生了体细胞CDH1缺失,最终导致E-钙粘蛋白蛋白丢失,使其易患SDC。此前研究已在SDC-RF中发现体细胞CDH1致病性变异,但本例患者为携带CDH1胚系致病性变异的经典型SDC(无横纹肌样特征)。值得注意的是,本研究未探讨的其他遗传变异、分子因素及信号通路可能也参与了SDC的发生。例如,本研究使用的NGS检测无法分析基因甲基化或乙酰化等表观遗传因素,未知基因的表观遗传沉默可能具有重要作用。该检测也未覆盖基因组非编码区(内含子、基因间区、基因增强子、启动子)及端粒、着丝粒区域。此外,由于IHC标记物检测有限,研究人员未对其他潜在蛋白缺失进行全面分析。未来研究可进一步探索导致CDH1胚系致病性变异携带者易患SDC的其他因素。

综上,本文报告了 1 例携带CDH1胚系致病性变异且存在体细胞双等位基因失活的SDC病例。该病例引发了对携带CDH1胚系致病性变异患者SDC肿瘤遗传学及分子谱分析的思考。此外,该病例支持以下观点:SDC可能是携带CDH1胚系致病性变异个体中与小叶乳腺癌(LBC)和弥漫性胃癌(DGC)对应的涎腺肿瘤,并可能扩展该家族性癌症易感综合征的相关肿瘤。

若仅关注遗传,可送检我司遗传性肿瘤625基因检测、遗传性肿瘤105基因检测(NGS方法学),进行发病风险评估,协助受检者早诊断、早预防早治疗。若关注治疗和遗传,可送检我司实体瘤全外显子组基因检测、实体瘤1299基因检测、实体瘤272基因检测PLUS版(NGS方法学),预测可能获益的靶向、免疫、化疗等治疗方案,同时辅助预后和遗传评估。除上述项目外,我司还可提供AR表达检测(IHC方法学),辅助临床诊疗。

参考文献:

Desai N, Racila E, Fujioka N, Gupta A, Antonarakis ES. Case report: Salivary duct carcinoma in a patient with a germline CDH1 pathogenic variant - expanding the spectrum of hereditary cancer predisposition syndromes. Front Oncol. 2024 Apr 8;14:1372382. doi: 10.3389/fonc.2024.1372382. PMID: 38651154; PMCID: PMC11034483.

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