2001年9月11日，小布什正在埃玛·布克小说视察教育改革的成果，一位工作人员却急慌慌地跑过来告诉他一家民航飞机撞上了世贸大厦，小布什听后还觉得那只是一个小飞机，此事不过是个普通的空难。但是，过了一会儿国安事务助理赖斯亲自打来了电话告诉他：不是小飞机，是商用喷气大飞机！小布什后来说，自己还认为是那个糟糕的飞行员在大白天把飞机开到了楼上，他还怀疑飞行员是不是有心脏病。又过了一会儿，白宫办公厅主任附耳告诉他：又有一架飞机撞向了大楼，美国首都遭受到了1812年以来的第二次袭击！

通过调查，美国人把矛头对准了本·拉登，对于这个人小布什是有些熟悉的，一年前他曾在也门制造事件造成17名船员遇难，98年的大使馆1爆炸案也是他策划的。美国随即将本·拉登列为全球十大通缉要犯第一名，尽管拉登坚决否认（据说他后来承认了）。

当时本拉登正藏身于阿富汗，而阿富汗基本被塔利班政权掌握，塔利班的领袖叫奥马尔，奥马尔和本·拉登是称兄道弟的关系，本·拉登没少给他资金援助。当布什要求奥马尔交出本拉登时，遭到了拒绝，于是那年10月7日，布什下令摧毁塔利班，掀起了阿富汗战争。

在历史上一共有过三次阿富汗战争，他们的发起者分别是英国、苏联和美国。1979年苏联入侵阿富汗的时候，拉登才22岁，他为了帮助阿富汗抵抗苏联，建立了基地组织，大约有3万多人接受过该组织的培训，随后以极端方式展开攻击。

非常讽刺的是，在此期间拉登和中情局有着良好的合作，他的很多装备比如对付直升机的“毒刺”导弹就是美国人提供的。美国一度将拉登视为自己的盟友，中情局一度把拉登称为英雄，每年给予他大约5亿美金的援助，帮助其训练。

79年阿富汗战争结束后，拉登本以为阿拉伯世界就没有敌人了，但是随后又发生1991年的海湾战争，这让他意识到美国才是苏联之后对阿拉伯威胁最大的敌人。他曾想自己的祖国沙特建议用他的基地组织来保护沙特，但是遭到了拒绝，这并不让拉登生气，拉登真正气的是沙特转头就同意了美国在沙特建立基地。拉登愤然给沙特国王写信，称他们这是引狼入室。沙特政府也很愤怒，他们把拉登开除国籍，拉登从此开始流亡各地，1996年，拉登来到了阿富汗。

塔利班政权在几个月内就被打垮了，但是拉登直到2011年才被找到并击毙。