在《堪萨斯—内布拉斯加法案》通过后，美国的政治格局发生了新的分化与重组。最终，形成了民主党与共和党相对抗的局面。

美国的全国性政党最早出现在18世纪末。1796年大选中出现了两个主要政党：由汉密尔顿和约翰·亚当斯领导的联邦党，以及由托马斯·杰斐逊领导的民主共和党。联邦党在1800年大选失利后逐渐衰落，并在1816年彻底瓦解。1828年，民主共和党内部出现分裂，一部分形成了民主党，另一部分则演变为辉格党。在此之后，除了1840年和1848年的总统选自辉格党外，长期以来民主党几乎一直掌握总统职位，并逐渐受到南方奴隶主的强烈影响。

1854年，共和党正式成立，其核心目标是反对奴隶制的扩张。这个新党派很快吸收了大量反奴隶制力量，包括原辉格党成员、部分分裂出来的民主党人以及废奴主义者。1860年的总统大选中，共和党提出“不让奴隶制再扩展一步”的纲领，并承诺实行保护关税和“宅地法”，即为移民分配免费的土地。共和党的候选人是亚伯拉罕·林肯。

林肯出身贫寒，出生于肯塔基的一个农民家庭。他自幼务农，做过船工、店员、邮差助手，甚至是土地测量员的帮手。凭借勤奋和自学，他掌握了法律知识，后来成为律师。他曾四次当选伊利诺伊州议员，也曾担任过国会议员。林肯坚信美国的民主制度，主张限制奴隶制的扩张，希望借此让奴隶制度逐渐萎缩直至消亡。

林肯质朴的背景和个人品格，再加上共和党明确的反奴隶制立场，赢得了农民、工人、废奴派和资产阶级的支持。1860年1月，林肯当选为美国第16任总统。这一结果象征着反对奴隶制扩张的路线正式走上舞台。

然而，南方各州对此极度反感。自1860年12月起，南卡罗来纳等7个蓄奴州宣布脱离联邦，并于1861年2月成立“美利坚联盟国”（即南部同盟），制定宪法并推选“总统”。1861年3月，林肯在华盛顿正式就任总统。4月，南军炮轰萨姆特要塞，战争由此爆发。随后，又有4个蓄奴州加入南部同盟，并将首都设在弗吉尼亚的里士满。

从实力上看，北方明显占优。它拥有全国四分之三的领土，人口2200万，工业产值高达全国的九成以上。而南方人口仅900万，其中还包括350万黑奴，工业水平远远落后。然而在战争初期，南方却凭借充分的战备和较强的军事领导优势占据上风。许多出身南方的联邦将领转投南部同盟，使得南军在开局阶段屡占先机。

林肯政府一开始低估了战争的艰难性，最初的征兵期只有三个月，结果在1861年7月的战役中，联邦军惨败。此后，国会授权林肯扩军，征召50万志愿军，服役期长达三年甚至整个战争。联邦军开始采取进攻战略：实施“长蛇计划”，即海上封锁和沿密西西比河切割南方，同时进攻里士满。战争由此分为东战场和西战场。

到1862年底，南军在罗伯特·李的指挥下在东战场多次击败北军，而在西战场上，格兰特率领的联邦军不断取胜，控制了除维克斯堡和哈得逊港外的大部分密西西比河。与此同时，欧洲列强也对这场战争虎视眈眈，英国甚至一度考虑支持南方，但因工人阶级的强烈反对而未能实现。

起初，林肯政府将战争目标定为维护联邦统一，避免直接触碰奴隶制问题。但随着战争的推进，舆论和共和党内激进派的压力日益增大。1862年，林肯颁布《宅地法》，满足了广大劳动人民对土地的渴望，激发了他们的参战热情。同年又签署《没收法案》，没收叛乱者财产并解放他们的奴隶。9月，林肯发表《初步解放宣言》，宣布从1863年起，叛乱州的奴隶将获得自由；1863年元旦，正式的《解放宣言》发布，明确内战的第二个目标：废除奴隶制。

此后，林肯采取了强硬措施镇压反战势力，并在1863年推行《征兵法》，由联邦直接征兵，大幅扩充军队。同时引入累进所得税，增加富人的负担以支持战争。

1863年，北军在葛底斯堡大捷，彻底扭转战局。同年，格兰特率军攻占维克斯堡，完全控制密西西比河。1864年，格兰特被任命为联邦军总司令，谢尔曼率军攻占亚特兰大，并展开著名的“向海洋进军”，一路烧毁南方腹地。1865年春，格兰特和谢尔曼会师，形成对南军的包围。4月9日，罗伯特·李率军在阿波马托克斯投降，南方军队相继放下武器，持续4年的南北战争终于结束。

这场战争不仅决定了美国的统一，也终结了奴隶制度，标志着美国社会进入了新的历史阶段。